Succédant à l’orgue de Jean-André Silbermann, détruit avec le reste de d’église lors de la guerre de 1870, le grand orgue actuel a été construit et inauguré en 1877 par Joseph Merklin. Il comporte 45 jeux et est un exemple remarquable du style symphonique parisien.

Classé Monument Historique le 11 mai 1995, il a été restauré par Nicolas Toussaint en 2008.

Il a été restauré entre 2018 et 2019 par la Manufacture Quentin Blumenroeder et l’Atelier Bernard Hurvy.